EuroVelo 9 durchquert in Tschechien das UNESCO-Landschaftsgebiet Lednice-Valtice.
Von der tschechisch-polnischen Grenze aus führt die Route nach Süden durch einen hügeligen Abschnitt, vorbei am Jeseníky-Gebirge, Sumperk und dann Zabreh und Litovel auf den Auen der March. Von dort aus erreichen Sie Olomouc, das regionale Zentrum von Hana, das eine wichtige historische Stadt und UNESCO-Denkmal ist. Hana ist ein Teil Mährens, der flach und reich an Landwirtschaft ist. Der nächste Abschnitt Mährens, der als mährischer Karst bekannt ist, ist ein einzigartiges Gebiet mit Höhlen, aber auch ein anspruchsvolles Gebiet für Radfahrer. Dann kommt Brünn, die Hauptstadt Südmährens. Nach Brünn ist der südliche Teil der Route flach und führt durch Auenwälder mit gelegentlichen Zwischenstopps an historischen Naturdenkmälern zwischen Valtice, Lednice und Břeclav. Die mittelalterliche Stadt Mikulov mit ihrer herausragenden Burg, dem Judenviertel und dem Friedhof ist ein Muss. Mikulov liegt am Fuße der Palava-Hügel und des Landschaftsschutzgebietes mit zahlreichen Weinbergen und ausgezeichneten Weinen.